1. Lãnh đạo ban:
- Ban Quản lý Khu Kinh tế Nghi Sơn có 01 Trưởng ban (do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm) 05 Phó Trưởng Ban, một số Uỷ viên do Chủ tịch Uỷ ban nhân dân tỉnh bổ nhiệm theo đề nghị của Trưởng Ban quản lý.
- Trưởng Ban Quản lý do Thủ tướng Chính phủ bổ nhiệm theo đề nghị của Bộ trưởng Bộ Nội vụ và Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hoá.
- Các Phó Trưởng Ban Quản lý do Chủ tịch UBND tỉnh Thanh Hoá bổ nhiệm theo đề nghị của Trưởng ban
2. Bộ máy giúp việc:
Gồm 11 phòng Ban chuyên môn và đơn vị sự nghiệp; trên 80 Cán bộ, Công chức - viên chức hành chính và sự nghiệp, trên 80% có trình độ Đại học
3. Sơ đồ tổ chức:
+ Trưởng Ban - Lê Đình Thọ;
+ Phó trưởng Ban: Lê Thanh Hà;
+ Phó trưởng Ban: Hoàng Bá Bộ;
+ Phó trưởng Ban: Nguyễn Tiến Dũng;
- Văn phòng;
- Thanh tra;
- Phòng Kế hoạch - Tài chính;
- Phòng Quản lý Tài nguyên và Môi trường;
- Phòng Quản lý Quy hoạch;
- Phòng Quản lý Xây dựng;
- Phòng Xúc tiến đầu tư;
- Phòng Quản lý Doanh nghiệp và Lao động;
- Phòng Quản lý Thương mại và Xuất nhập khẩu;
- Phòng Đại diện Ban Quản lý Khu kinh tế Nghi Sơn tại Khu Công nghiệp Lễ Môn, thành phố Thanh Hoá;
- Phòng Đại diện Ban Quản lý Khu kinh tế Nghi Sơn tại Khu Công nghiệp Bỉm Sơn, thị xã Bỉm Sơn.
Chức năng, nhiệm vụ, tổ chức và biên chế cụ thể của phòng chuyên môn, nghiệp vụ, văn phòng đại diện của Ban Quản lý Khu kinh tế Nghi Sơn do Trưởng Ban quyết định theo quy định hiện hành của Nhà nước.